總統賴清德提名最高檢察署主任檢察官徐錫祥接任檢察總長人事案，遭立法院否決，賴隨即指派徐錫祥代理檢察總長，引發在野黨批評。民間司法改革基金會提出4項理由，認為此舉有高度適法性及憲政疑慮，呼籲賴清德收回成命。檢察總長邢泰釗任期於今年5月7日屆滿，賴清德於3月13日提名最高檢察署主任檢察官徐錫祥為檢察總長，但遭立法院否決。隨後，賴清德仍指定徐錫祥檢察官為「代理檢察總長」。法務部已於5月7日正式收到總統府指定代理公文。
司改會對此提出4項理由，呼籲總統收回成命。第一、指定被否決者代理檢察總長，等同變相架空人事同意權。而從國會的角度來看，這是將「代理制度」作為一種政治籌碼，有逼迫國會不得不接受的效果。更甚者，如總統未來遲不提名新的人選，將對制度造成實質破壞。
第二，將「代理制度」作為政治籌碼，將損害檢察公信。若總統透過「指定代理」繞過國會審查，等同於在憲政體制上開了一個「後門」，讓總統能單方面決定檢察體系的領導者。可以理解執政黨與國會高度不信任的情況下，總統對於國會行使人事同意權的程序及結果，抱持這高度的質疑與批判。因此，指定被否決者代理檢察總長，可能是一種政治上的反擊與表態。然而，無論如何都不應以損害檢察公信、破壞國會人事同意制度為代價。
第三，總統「指定代理檢察總長」缺乏法律依據，存有高度適法性之疑慮，制度上有檢討必要。針對這次爭議，法務部次長於國會接受質詢時，指出其依據是《最高檢察署處務規程》第11條。但該條文字，是規定檢察總長本人因故不能執行職務時，由其本人指定代行職務之人。至於檢察總長任期屆滿時，如何指定代理人？是否得由總統指定？現行法律皆無明文規定。法務部上開見解之適法性，容值商榷。最後，司改會認為，指定甫經國會否決者代理檢察總長，欠缺民主正當性，恐創憲政惡例。過去總統指定代理檢察總長時，都是屬於檢察總長請辭而臨時出缺的情形，而非指定已遭立法院否決之人選。若要由總統指定代理檢察總長之人，在目前制度不完善、缺乏法律明文授權的情況下，本應特別謹慎。然而，總統卻反其道而行，指定甫經國會否決的檢察官代理，恐有創造刻意規避國會人事同意權惡例之虞，存有高度欠缺民主正當性的疑慮。
司改會認為，徐錫祥代理檢察總長人事案在正當性及適法性都有高度疑慮，鄭重呼籲賴總統收回成命，切勿因一時政治紛爭，造成檢察體系公信力及憲政民主長久傷害；同時建請相關機關推動修法，補正法律漏洞。
