國民黨台北市立委參選人徐巧芯今（23）日指稱，民進黨台南市立委賴惠員2009年所做的中正大學政治研究所碩士論文，與2006年另名研究生的論文內容有36.8％相同。對此，賴稍早也在臉書回應，稱自己論文已於今年度進行相似度比對，相似度並末超過中正大學獲得碩士學位的標準。徐巧芯隨後到賴惠員臉書留言並踢爆更多內容，卻遭到對方刪除，「論文戰爭」再度引發PTT鄉民的熱議。
對於遭指控論文涉及抄襲，賴惠員表示，專業的學術倫理不應被政治口水取代，徐巧芯議員是噴政治口水的專家，但絕非學術倫理的專家，更遑論自己論文已於今年度三月進行相似度比對，論文相似度並末逾越中正大學獲得碩士學位的標準，且相似的部份大都是文獻回顧及資料引用，也根本與抄襲無關，亦符合Turnitin 24%之內的標準。她接著提到，為昭公信，自己願意將論文送交中正大學學術倫理委員會再次審查，用專業的學術標準來回應徐巧芯。
賴惠員更強調，徐巧芯指控的「重複度36%」一事，純粹是為了特定目的，故意先射箭後畫靶，完全是以偏蓋全的抹黑。「難道成功大學的論文比對系統，會比徐巧芯自己去網路隨便抓來的系統還不精準，真是貽笑大方。」
不過徐巧芯隨即在自己臉書踢爆，她有到賴的發文下留言，稱對方自行比對相似度會低是因為投機取巧，把後面的「訪談逐字稿」一起放進去比對，拉低雷同比例，但翻閱兩分論文可以很清楚看到完全抄襲的地方。此外，徐還把兩份論文雷同之處標註出來。
除此之外，徐巧芯還補充，記者會後又有人檢舉，賴惠員還抄襲另一份論文，「民進黨與地方派系勢力變遷之研究」，扣掉訪談逐字稿灌水後，再拿去系統比對，抄襲度更高達46%。徐還嘲諷，「我去賴惠員臉書留言這一段以後，就被她封鎖了，留言內容還被刪除。此地無銀三百兩，經不起辯論啊。」
對於徐巧芯、賴惠員的論文大戰，PTT鄉民在《八卦版》也展開熱烈討論，「我先把你封鎖再來發文回擊」、「封鎖就輸了」、「訪談逐字稿也可以進論文喔XD?」、「我先把你BAN掉，再回應你」、「民主自由」、「塔綠班的言論自由 」、「刪除又封鎖看來是心虛了」、「這麼生氣，表示查對了」。
